1904 жылы 11 мамырда Павлодар облысы Баянауыл ауданының Жасыбай көліне жақын жерде кедей шаруа отбасында дүниеге келді.
Ғылыми дәрежесі: филология ғылымдарының докторы
Білімі: 1929 ж. Ленинград қаласында Шығыс институтының филология факультетін бітірді.
Алғашқыда ауылдық мектепте оқып, бастауыш білім алды. 1919 жылдың соңында Павлодар қаласындағы мұғалімдік курсқа түсіп, оны 1920 жылы бітіргеннен кейін туған аулына қайта оралып, 1-дәрежелі 2-Далбы мектебінде мұғалім болып істеді. Білімнің әлі де жеткіліксіздігін сезген ол 1921 жылы Семейдегі педагогикалық техникумға түсіп, оны 1925 жылы ойдағыдай бітіріп шықты.
Семейде оқып жүрген кезінде Әлкей Хақанұлы «Таң» журналы мен «Қазақ тілі» газетінің редакцияларымен байланыс жасап тұрады. М.Әуезовтің кеңесі бойынша, 1925 жылы Әлкей Хақанұлы Ленинградқа сапар шегіп, 1925—31 жж. арасында Шығыс институтының әдебиет факультетіне түсіп, бір уақытта Ленинград университеті және өнер тарихы институтының дәрістерін тыңдайды. Ғылым негіздерін табысты игере отырып Ә. Марғұлан Ленинградтың бай мұрағаттарынан бірнеше қайнар бастауларды зерттейді, қазақ халқының мәдениеті мен тарихы бойынша әдеби және архивтік материалдарды жинаумен шұғылданады. Осы жылдары ол әдеби шығармашылық қызметке де ден қояды. Оның аудармасы арқылы қазақ оқырманы алғаш рет атақты орыс және шетел жазушыларының шығармаларымен танысады.
1926-1927 жылдары академик А. Ферсман және профессор С. Руденко жетекшілігімен одақтас және автономиялық республикаларды зерттеу жөніндегі ерекше комитеттің қазақстандық және алтайлық экспедицияларына қатысады. Ә. Марғұланның қазақ халқының мәдениетін және наным-сенімін, ғұрыптары мен салт-дәстүрлерін білуі экспедицияның антропологиялық отрядының жұмысына үлкен практикалық көмегін тигізеді. Әлкей Марғұлан экспедиция материалдары негізінде найман мен адай тайпалары туралы алғашқы ғылыми еңбегін жазды.
1929 жылы Әлкей Марғұлан Шығыс институтындағы оқуын бітіріп, Абай шығармашылығы туралы дипломдық жұмысын табысты қорғап шықты. Туған халқының тарихына ден қойып, зерттеу жұмыстарын сонау Ленинградта оқып жүргенде-ақ бастаған Әлкей елге келгеннен кейін де осынау бейнеті мол, көп ізденіп, зерттеуді қажет ететін сауапты істі одан әрі жалғастырып, Оңтүстік Қазақстандағы Сырдария, Шу, Талас өзендері бойында және көне Отырар, Сауран, Сығанақ қалаларының орындарында түрлі қазба жұмыстарын жүргізеді.
1943 жылы Ә.Х.Марғұлан «Хандар жарлығының тарихи маңызы» атты тақырыпта кандидаттық диссертациясын ойдағыдай қорғап шықты. Бұл зерттеу қыпшақтардың жазба ескерткіштерін зерттеудің ең алғашқы бастамасы болды.
1938 жылы Алматыда КСРО Ғылым академиясы бөлімшесінің ашылуына байланысты тарих саласы бойынша білгір, сауатты ғалым ретінде Әлкей Марғұлан елге шақыртылады.
Әлкей Хақанұлы 1938 жылдан бастап КСРО ҒА-ның Қазақ филиалында, кейін өз алдына шаңырақ көтерген Қазақ КСР Ғылым академиясында үздіксіз қызмет атқарады. 1941-1946 жылдары археология секторын, ал 1957 жылдан 1976 жылға дейін Қазақ КСР ҒА-ның Ш.Уәлиханов атындағы Тарих, археология және этнография институтының этнография бөлімін басқарады. 1976 жылдан ол палеолит бөлімінің аға қызметкері болды.
Ғылымдағы үздіксіз табыстары үшін ол Ленин, Еңбек Қызыл Ту және Халықтар достығы ордендерімен, «1941-1945 жж. Ұлы Отан соғысындағы ерлік еңбегі үшін», 1961 жылы оған «Қазақ ССР-ның еңбек сіңірген ғылым қайраткері» атағы берілді.
Ә.Х. Марғұланның 100 жылдығына орай пошта маркасы мен Қазақстанның естелік монетасы шығарылды. 2008 жылғы қаңтар айында Алматыда Қазақстан Республикасы Ғылым академиясы ғимаратының жанында Ә. Марғұланның ескерткіші ашылды. 100 жылдық мерейтойы ЮНЕСКО-ның шешiмiмен дүниежүзілік деңгейде аталып өттi.
Ұлттық ғылым академиясының Тарих, археология және этнология институтындағы археология орталығының негiзiнде Марғұлан атындағы Археология институты құрылды. Астана, Павлодар, Екібастұз, Жезқазған қалалары мен Оңтүстік Қазақстан облысында, Баянауыл, Екiбастұз аудандарында бірнеше көшелер, мектептер Ә. Марғұлан есiмiмен аталады. Павлодар қаласында мүсiнi орнатылған‚ сондай-ақ Павлодар мемлекеттік Оңтүстік Қазақстан облысында Ә. Марғұлан атындағы кішігірім музейі бар мектеп бар. 1995 жылы Ә. Марғұлан атындағы Халықаралық қор ұйымдастырылды.
Әдебиеттер тізімі:
1.Маргулан А. Архитектура Казахстана. – Алма-Ата, 1959. – 172 с.
2.Маргулан Алькей Хаканович. Казахское народное прикладное искусство: альбом. Т.1: Казахское народное искусство. Развития художественных ремесел. Народное искусство казахов. Казахский национальный орнамент. Казахский народный костюм. Ковроделие. Обработка металла и ювелирное искусство. Резьба по дереву и кости. Тиснение по коже. Народные мастера. - 1986. - 256 с.
3.Маргулан Алькей Хаканович. Казахское народное прикладное искусство: альбом. Т.2: Художественное кошмоделие. Ткачество. Плетение. Вышивка. - 1986. – 256 с.
4.Маргулан Алькей Хаканович. Казахское народное прикладное искусство: альбом. Т.3: Резьба по дереву и кости. Художественная обработка металла и тиснение по коже. – 1994 - 248 с.
5.Маргулан Алькей Хаканович. Мир казаха. - Алматы: ІDK-TІPO, 1997. - 56 с.
6.Маргулан Алкей Хаканович. Сочинения: в 14 т. Т. 1. Бегазы-дандыбаевская культура Центрального Казахстана. - Алматы: Атамұра, 1998. - 400 с.
7.Маргулан Алькей Хаканович. Шығармалары = Сочинения. – Алматы. - Т. 3-4: Петроглифы Сарыарки. Гравюры с изображением волчьего тотема. Каменные изваяния Улытау. - 2003. – 460 с.
8.Маргулан Алкей Хаканович. Труды по культуре письменности казахского народа. - Астана: Алтын кітап, 2007. - 264 с.
9.Маргулан Алкей Хаканович. Сочинения: т. 8. - Алматы: Алматы-Болашак, 2011. - 472 с.
10.Маргулан Алкей Хаканович. Сочинения = Шығармалары. - Алматы: Алатау. - Т. 11. - 2012. - 576 с.; Т. 12. - 2012. - 576 с.
11.Маргулан А. Петроглифы с тотемом волка тотем племени Шапырашты // Марғұлан Ә. Шығармалары. Т. 13. - Алматы, 2012. - С. 297 – 312
12.Маргулан А. О значении эпиграфических памятников Казахстана // Марғұлан Ә. Шығармалары. Т. 13. - Алматы, 2012. - С. 331 – 342
13.Материалы международной научно-практической конференции, посвященной 110-летию академика А.Х. Маргулана. – Алматы – Павлодар: ЭКО. – 2014. – 544 с.
14.Маргулан А.Х. О носителях древней поэтической культуры казахского народа // М.О. Ауэзову: Сборник статей к его шестидесятилетию. - Алма-Ата, 1959. - С. 70 – 89
15.Маргулан А.Х. Раскопки погребения воина ХІV века в долине реки Нуры // Труды Института истории, археологии и этнографии. Том 7. Археология. - Алма-Ата, 1959. - С. 248 - 261
16.Маргулан А.Х. Образ Каныша живет в наших сердцах // Академик К.И. Сатпаев: Сборник, посвященный памяти выдающегося советского ученого. - Алма-Ата, 1965. - С. 224 - 229
17.Маргулан А.Х. О художественном наследии Чокана Валиханова // Валиханов Ч.Ч. Собрание сочинений в 5 т. Т.5. - Алма-Ата, 1972. - С. 5 – 28
18.Маргулан А.Х. Джезказган-древний металлургический центр (Городище Милыкудук) // Археологические исследования в Казахстане. - Алма-Ата,1973. - С. 3 – 44
19.Маргулан А.Х. Остатки оседлых поселений в Центральном Казахстане // Археологические памятники Казахстана. - Алма-Ата, 1978. - С. 3 – 37
20.Маргулан А.Х. Очерк жизни и деятельности Ч.Ч. Валиханова // Валиханов Ч.Ч. Собрание сочинений в 5 т. Т. 1. - Алма-Ата,1984. - С. 9- 77